Les contre-indications à la balnéothérapie restent bien sûr valables pour l'ostéopathie aquatique : plaies ouvertes, infections pulmonaires, tensions artérielles instables ou trop basses. « Les troubles émotionnels importants le sont également dans un premier temps. Un patient en dépression profonde ou schizophrène verra ses réactions émotionnelles décuplées dans l'eau. Sur table, les réactions émotionnelles existent aussi : un patient peut se mettre à pleurer, se sentir oppressé, angoissé. Dans l'eau, ces remontées émotionnelles sont très fortes. Si des précautions ne sont pas prises, il est possible d'assister à des crises proches de l'hystérie : le patient enlève ses flotteurs et se remet debout dans la piscine, sans en être conscient. De même, l'eau nous rapproche du patient et favorise les transferts émotionnels. C'est un point important à prendre en compte. Mais après un travail sur table de rééquilibrage ou avec un suivi en psychothérapie, ces patients pourront devenir une indication à l'ostéopathie aquatique qui donne alors de très bons résultats », précise Ségolène Vilpert.

Au niveau ostéopathique, certaines dysfonctions qui ne respectent pas les axes physiologiques ne pourront pas être traitées dans l'eau, au risque d'aggraver la situation. Par exemple, un up slip ou une translation de tibia sous fémur. Dans ces cas-là, des points d'appui sont nécessaires à la correction. Certaines techniques comme les thrusts (à haute vélocité et à basse amplitude) ne sont pas indiquées dans l'eau puisque l'objectif du thrust est d'aller plus vite que la barrière musculaire, de court-circuiter le réflexe musculaire. Or dans l'eau chaude, cette barrière musculaire disparaît. Un thrust serait à la fois inutile et dangereux. Ces dysfonctions doivent absolument être traitées sur table avant d'amener le patient dans l'eau.
Enfin, lorsque l'ostéopathe fait le choix des techniques crâniennes, traiter le patient dans l'eau ne présente pas de réel intérêt.